El CNAG participa en la secuenciación del genoma del melón
Un consorcio formado por nueve centros de investigación públicos y privados de cinco comunidades autónomas españolas ha obtenido el genoma del melón, una de las especies de mayor interés económico en todo el mundo. Los resultados del trabajo –en el que ha colaborado el Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG), con sede en el Parc Científic de Barcelona– se publican en la revista Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) [doi:10.1073/pnas.1205415109]. Es la primera vez que una iniciativa publico-privada española consigue un genoma completo de una especie superior de plantas (que tienen flor y producen semillas) y utilizando, además, nuevas tecnologías de secuenciación masiva, que son más baratas y eficientes.
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El proyecto –denominado Melonomics y promovido por la fundación Genoma España– ha sido liderado por Pere Puigdomènech, del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), y Jordi Garcia Mas, del Instituto de Investigación y Tecnología Agroalimentarias (IRTA), que desarrollan su trabajo al Centro de Investigación en Agrigenómica de Barcelona (CRAG ). El trabajo también ha contado con una colaboración muy destacada del grupo liderado por Tyler Alioto, del Centro Nacional de Análisis Genómica y del grupo dirigido por Roderic Guigó, del Centro de Regulación Genómica.
Los resultados han demostrado que el genoma del melón tiene 450 millones de pares de bases y 27.427 genes. Es mucho más grande que el genoma de su «pariente» más cercano, el pepino que tiene 360 millones de pares de bases.
Otra cuestión de interés está relacionada con la maduración de la fruta, proceso en el cual se definen características como el gusto y el aroma. Los científicos han identificado hasta 89 genes relacionados con algunos aspectos de este proceso: 26 genes relacionados con la acumulación de carotenoides, que le confieren el color a la pulpa del melón y 63 relacionados con la acumulación de azúcar y el sabor del melón. Veintiuno de estos genes no han sido descritos con anterioridad.
El investigador del CNAG, Tyler Alioto, en colaboración con el CRG, encabezó el esfuerzo para identificar y asignar funciones a todo el conjunto de genes codificadores de proteínas en el genoma del melón. Más específicamente, creó un conjunto de genes de referencia (27.427 genes en total) a partir de una combinación de predicciones de genes y pruebas de expresión génica. Este repertorio de genes anotados, que incluye los genes de resistencia a enfermedades y los genes antes mencionados que afectan la calidad de la fruta, se puede utilizar como una nueva herramienta para mejorar las variedades de melón a través de su cultivo, así como ampliar nuestros conocimientos sobre la evolución de la familia de las cucurbitáceas.
El CNAG ha resecuenciado asimismo otras variedades de melón, incluyendo los genomas parentales que ayuden a identificar la variación genética entre sus diferentes variedades.
