El IRB Barcelona crea una plataforma que permite ver en 3D interacciones de proteínas al detalle molecular
Los científicos Roberto Mosca, Arnaud Ceol y Patrick Aloy ponen al servicio de la comunidad biomédica internacional Interactome 3D, una plataforma web desarrollada íntegramente en el Institut de Recerca Biomèdica (IRB Barcelona) –con sede en el Parc Científic de Barcelona– y que es de acceso abierto y gratuito. Interactome 3D ofrece por primera vez la posibilidad de obtener y añadir anónimamente detalles moleculares de las interacciones entre proteínas y obtener la información en modelos visuales en 3 dimensiones. Para los investigadores, los detalles atómicos de las interacciones son básicos para poder entender los fundamentos de la biología, la aparición de enfermedades y para diseñar experimentos y fármacos para combatirlas.
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Interactome 3D aporta información fiable de más de 12.000 interacciones de proteínas para ocho organismos modelo, los más relevantes para la investigación biomédica y los estudios genéticos, como la planta Arabidopsis thaliana, el gusano Caenorhabditis elegans, la mosca Drosophila melanogaster, las bacterias Escherichia coli y Helicobacter pylori, la levadura de cerveza Saccharomyces cerevisiae, el ratón Mus musculus y Homo sapiens. La revista Nature Methods presenta los resultados de la investigación y avala la plataforma por su alta fiabilidad y precisión en la modelización de las interacciones, de un 75% de media.
Patrick Aloy, investigador ICREA del IRB Barcelona, jefe del laboratorio en Bioinformática Estructural y Biología de Sistemas, e investigador del programa conjunto IRB Barcelona-BSC, explica que «hemos diseñado Interactome3D para biólogos moleculares y celulares, con una interfaz bien ordenada, poco técnica y que presenta los resultados de manera sencilla. Con pocos clics ya obtienes la información que buscas y no hay que ser bioinformático para moverte por la plataforma, hacer las consultas o interpretar los resultados».
El investigador postdoctoral Roberto Mosca dice que el diseño de la plataforma bebe de los más de cuatro años de experiencia del laboratorio: «colaboramos con grupos de todo el mundo que necesitan estos datos que ahora ofrecemos de manera automática». Los datos de Interactome3D se actualizarán cada seis meses y esperan poder modelar hasta 16.000 interacciones en poco tiempo. «La herramienta no está cerrada. Iremos incorporando toda la información para crecer en número de interacciones, pero manteniendo siempre la fiabilidad como eje central», remarca el investigador italiano.
