Skip to main content
Sense categoria

L’IRB Barcelona crea una plataforma que permet veure en 3D interaccions de proteïnes al detall molecular

By 17 de desembre de 2012novembre 16th, 2020No Comments
< Tornar a notícies
Interactome3D és un sistema automatitzat per fer anotacions estructurals de xarxes de proteïnes. Font: IRB Barcelona.
 17.12.2012

L’IRB Barcelona crea una plataforma que permet veure en 3D interaccions de proteïnes al detall molecular

Els científics Roberto Mosca, Arnaud Ceol i Patrick Aloy posen al servei de la comunitat biomèdica internacional , una plataforma web desenvolupada íntegrament a l'Institut de Recerca Biomèdica (IRB Barcelona) –amb seu al Parc Científic de Barcelona– i que és d'accés obert i gratuït. Interactome 3D ofereix per primera vegada la possibilitat d'obtenir i afegir anònimament detalls moleculars de les interaccions entre proteïnes i obtenir la informació en models visuals en 3 dimensions. Per als investigadors, els detalls atòmics de les interaccions són bàsics per poder entendre els fonaments de la biologia, l'aparició de malalties i per dissenyar experiments i fàrmacs per combatre-les.


Interactome 3D aporta informació fiable de més de 12.000 interaccions de proteïnes per a vuit organismes model, els més rellevants per a la recerca biomèdica i els estudis genètics, com són la planta Arabidopsis thaliana, el cuc Caenorhabditis elegans, la mosca Drosophila melanogaster, els bacteris Escherichia coli i Helicobacter pylori, el llevat de cervesa Saccharomyces cerevisiae, el ratolí Mus musculus i l’Homo sapiens. La revista Nature Methods presenta els resultats de la recerca i avala la plataforma per la seva alta fiabilitat i la precisió en la modelització de les interaccions, d’un 75% de mitjana.

Patrick Aloy, investigador ICREA a l’IRB Barcelona, cap del laboratori en Bioinformàtica Estructural i Biologia de Xarxes, i investigador del programa conjunt IRB Barcelona-BSC, explica que “hem dissenyat Interactome3D per a biòlegs moleculars i cel·lulars, amb una interfície ben ordenada, poc tècnica i que presenta els resultats de manera senzilla. Amb pocs clics ja obtens la informació que busques i no cal que siguis bioinformàtic per moure’t per la plataforma, fer les consultes o interpretar els resultats”.

L’investigador postdoctoral Roberto Mosca diu que el disseny de la plataforma beu dels més de quatre anys d’experiència del laboratori: “fem col·laboracions amb grups d’arreu del món que necessiten aquestes dades que ara oferim de manera automàtica”. Les dades d’Interactome3D s’actualitzaran cada sis mesos i esperen poder modelar fins a 16.000 interaccions en poc temps. “L’eina no està tancada. Anirem incorporant tota la informació per créixer en nombre d’interaccions, però mantenint sempre la fiabilitat com a eix central”, remarca Mosca.