Un estudio publicado a la prestigiosa revista Nature Communications –liderado por el Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG), desde su sede en el Parc Científic de Barcelona (PCB), y el German Cancer Research Center (DKFZ)– revela un alto nivel de heterogeneidad en los procedimientos de secuenciación del genoma del cáncer entre las diferentes instituciones mundiales. Los resultados de este trabajo –realizado en el marco del Consorcio Internacional del Genoma del Cáncer (ICGC)– asientan los fundamentos para una nueva era en la genómica del cáncer, creando directrices y aportando nuevas herramientas para conseguir datos de alta calidad para mejorar el diagnosis y la medicina de precisión.

El estudio (doi:10.1038/ncomms10001) es el resultado de un esfuerzo para establecer estándares fiables para obtener resultados precisos en la detección de mutaciones somáticas, que son un sello distintivo de los genomas del cáncer. Las mutaciones somáticas son alteraciones genéticas espontaneas adquiridas por una célula y que pueden ser transmitidas a la progenie de la célula mutada en el curso de la división celular y del crecimiento tumoral. Las mutaciones somáticas difieren de las variantes de la línea germinal, las cuales se heredan de padres a hijos.

El trabajo, en el que participaron 83 investigadores de 78 instituciones de investigación, identificó diferencias metodológicas sustanciales  en la secuenciación del genoma del cáncer entre los diferentes centros implicados. Este hecho condujo a la existencia de  discrepancias importantes en el número y la tipología de  mutaciones genéticas detectadas en el análisis de un mismo genoma del cáncer.

De las más de 1.000 mutaciones somáticas de una sola base confirmadas en el genoma del cáncer analizado, sólo el 40% eran identificadas de manera unánime por parte de todos los equipos participantes. El caso de las pequeñas inserciones o deleciones en la secuencia de ADN fue aún más exigente – sólo una única mutación de entre 337 fué identificada por todos los centros (0,3%). En consecuencia, el Consorcio ha establecido un conjunto de mutaciones de referencia para evaluar los procedimientos analíticos. Esta base de datos de referencia gold-set ha ayudado a la comunidad ICGC a mejorar los métodos para la identificación de mutaciones somáticas, reduciendo los falsos negativos y los falsos positivos.

La secuenciación del genoma entero en cáncer se utiliza cada día más como herramienta  clínica, y por ello es imprescindible entender las variables que afectan la calidad de los resultados en el análisis de la secuenciación. Así pues, en el manuscrito se proporcionan los puntos clave a tener en cuenta y las herramientas necesarias para la mejora del proceso. “Los hallazgos de nuestro estudio tienen implicaciones de largo alcance para el análisis del genoma del cáncer. Hemos encontrado muchas inconsistencias tanto en el proceso de secuenciación como en el análisis de datos, y, como descubrimientos relevantes que son, consideramos que estos datos tienen que estar disponibles  para la comunidad científica y para todos aquellos profesionales vinculados con el diagnóstico del cáncer, para que puedan perfeccionar sus sistemas y generar resultados más estandarizados y consistentes”, declara Ivo Gut, autor sénior de la publicación y director del CNAG-CRG.

Por su parte, David Jones, un científico sénior del DKFZ que co-lideró el estudio, explica que “a medida que los últimos avances tecnológicos en el análisis del genoma del cáncer están más ampliamente disponibles para dar soporte a la medicina personalizada del cáncer, es de vital importancia que los controles rigurosos de calidad sean aplicados para asegurar la precisión y la consistencia de los resultados. Esperamos que nuestro estudio ofrezca un marco de referencia para este proceso, proporcionando a los investigadores el mejor análisis posible de las muestras de los pacientes”.